在實施電子病歷之後，雖然它能提供許多便利及好處，但是對於電子病歷的安全性及隱私的保護，相信大家也是會有疑慮。故衛生署推動電子病歷十分重視保障病患隱私這部分，其配套措施如下：

• 病患同意

  在病患的同意下，需要有病患的健保IC卡、主治醫師醫事人員卡、與患者同意書，才能進行院際電子病歷交換作業。

• 敏感病歷

  對於具有高敏感性的病歷資料，本院訂有規範須經嚴格的審核程序才能審閱。

• 系統監控

  對於電子病歷的使用者，不管是增、刪、修改、或是審閱電子病歷，系統均會留下紀錄與修改前之原始版本，用以事後追蹤。